発酵と酵素の違いとは？微生物との関係と発酵食品の本当の良さをやさしく解説

味噌、納豆、ヨーグルト、ぬか漬け。体によさそうな発酵食品を、毎日の食事に取り入れている方も多いのではないでしょうか。

ところで、「発酵」と「酵素」は、どちらも「酵」という字が入っていて、なんとなく同じもののように感じませんか？

発酵食品を食べれば、酵素がたくさん摂れる」と思っている方もいるかもしれません。実は、発酵と酵素はまったく別のものです。

この記事では、2つの違いを「微生物」をキーワードにして、できるだけやさしく解説します。違いがわかると、発酵食品の本当の良さや、上手な選び方も見えてきます。

3行でわかるこの記事の結論

発酵と酵素の違いをひとことで

まずは結論からお伝えします。

酵素は、たんぱく質でできた物質です。食べ物を分解したり、体の中の化学反応を進めたりする「はさみ」や「道具」のような役割をしています。

一方、発酵は、麹菌・酵母・乳酸菌などの微生物が、食べ物を人にとって役に立つものに変えていく現象のことです。

発酵とは、微生物が作った酵素によって、食べ物が変化していくことです。

つまり、酵素は発酵の「道具」で、発酵はその道具を使った「仕事」だと考えるとわかりやすいでしょう。

ひと目でわかる比較表

「酵母」と「酵素」も別のもの

もう一つ、よく混同されるのが「酵母」と「酵素」です。名前は一字違いですが、中身は大きく違います。

• 酵母：パンやお酒づくりに使われる、目に見えないほど小さな生き物（微生物）
• 酵素：生き物が作る、たんぱく質でできた物質

酵母は、自分の体の中で作った酵素を使って、糖をアルコールと炭酸ガスに変えます。パンがふくらむのは、このときに出る炭酸ガスのおかげです。

酵母は「酵素を使って働く生き物」、酵素は「その生き物が使う道具」です。

ちなみに、酵素を表す英語の「エンザイム（enzyme）」は、ギリシャ語で「酵母の中にあるもの」という意味の言葉が語源です。

酵素の研究が、パンやお酒の発酵の研究から始まったことがわかりますね。

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発酵とは？微生物と酵素の関係

農林水産省は、発酵を「食品に微生物が増えることによって起こる変化」と説明しています。

このとき、主役として働いているのが、微生物が作り出す酵素です。

発酵は「微生物・酵素・食べ物」の3つで起こる

発酵の流れは、次のように考えるとシンプルです。

1. 大豆や米、牛乳などの食べ物に、麹菌や乳酸菌などの微生物がつく
2. 微生物が増えながら、さまざまな酵素を作り出す
3. その酵素が、食べ物のでんぷんやたんぱく質を分解する
4. 分解されてできた糖やアミノ酸などが、うま味や香り、酸味のもとになる

たとえば麹菌は、でんぷんを糖に分解する酵素や、たんぱく質をアミノ酸に分解する酵素を、たくさん作ることで知られています。

味噌やしょうゆのうま味は、この働きから生まれます。

微生物は「職人」、酵素は職人が使う「道具」、発酵は「できあがるまでの仕事」。このようにイメージすると覚えやすいでしょう。

発酵と腐敗の違いは「人にとって役立つかどうか」

発酵と腐敗は、どちらも微生物が食べ物を変化させる点では同じです。違いを決めているのは、微生物の種類ではありません。

人にとって役立つ変化なら「発酵」、害になる変化なら「腐敗」と呼び分けています。

農林水産省も、発酵の第一条件として「安全性が保たれていること」を挙げています。同じ微生物の働きでも、食中毒の原因になったり、いやなにおいが出たりすれば腐敗です。

納豆やくさやのように、ある国では発酵食品として好まれていても、別の国では「腐っている」と感じられる食べ物もあります。

発酵と腐敗の境目は、人の側の見方で決まっているのです。

熟成とは？発酵との違い

「熟成」もよく似た言葉です。この記事では、熟成を次のように考えます。

熟成とは、温度や時間を管理しながら、食べ物をおいしく変化させていくことです。

熟成には、微生物が関わるものと、関わらないものがあります。

• 味噌の熟成：麹菌などの微生物が作った酵素によって、時間をかけてうま味が深まる（発酵しながら熟成する）
• 熟成肉：主に肉そのものが持っている酵素の働きで、肉がやわらかくなり、うま味が増す

発酵は「微生物の働き」に注目した言葉、熟成は「時間をかけておいしくなること」に注目した言葉と考えると、区別しやすくなります。

紅茶の「発酵」は、微生物ではなく茶葉の酵素によるもの

少しややこしいのが、紅茶です。紅茶は「発酵茶」と呼ばれますが、日本紅茶協会によると、この「発酵」は茶葉に含まれる酸化酵素の働きによるものです。

摘んだ茶葉をもむと、酸化酵素が働いて、緑色の葉が赤褐色に変わり、紅茶らしい香りが生まれます。

つまり、紅茶の「発酵」には、微生物は関わっていません。食品の世界では、このように酵素による変化を慣用的に「発酵」と呼ぶ場合もあります。

発酵食品の中で、酵素はどう働いている？

身近な発酵食品を例に、どの微生物が、どんな変化を起こしているのかを見てみましょう。

日本の発酵食品の多くは、複数の微生物が協力して作られているのが特徴です。

こうして見ると、どの発酵食品も微生物が作る酵素が、原料を分解していることがわかります。

米麹の甘酒は「酵素の力」が主役

米麹から作る甘酒は、発酵と酵素の関係がよくわかる食べ物です。

まず、蒸した米に麹菌を繁殖させて「米麹」を作ります。このとき、麹菌がたくさんの酵素を作ります。

次に、米麹をおかゆなどと混ぜて温めると、米麹の酵素が米のでんぷんを糖に分解して、砂糖を使わなくても甘くなります。この変化を「糖化」といいます。

米麹の甘酒は酵母によるアルコール発酵をしないため、アルコールは含まれません。一方、酒粕から作る甘酒には、アルコールが含まれます。

同じ「甘酒」でも作り方が違うので、運転前やお酒を控えているときは原材料を確認しましょう。

あわせて読みたい：食物酵素とは？生の食べ物に含まれる酵素の基礎知識

「発酵食品＝酵素が多い」は本当？

「発酵食品を食べれば、酵素をたくさん摂れる」という言い方をよく見かけます。半分は当たっていますが、注意したい点が2つあります。

注意1：加熱された発酵食品も多い

発酵の途中では、たしかに微生物が作った酵素がたくさん働いています。しかし、完成した食品に酵素が働く状態で残っているとはかぎりません。

• パンは焼く工程で高温になる
• 味噌汁は煮立たせると高温になる
• 市販の飲料や調味料には、品質を保つために加熱殺菌されているものが多い

酵素の多くは熱に弱く、高温では働かなくなります。「発酵食品だから酵素がたっぷり」とは、一概にはいえないのです。

注意2：食べた酵素が、そのまま体の酵素になるわけではない

酵素はたんぱく質でできています。そのため、食べた酵素の多くは、ほかのたんぱく質と同じように胃酸や消化酵素で分解されると考えられています。

発酵食品や食物酵素を食べて、体の中の酵素が直接増えるという根拠は、十分ではありません。

体の中で働く酵素は、食事から摂ったたんぱく質を材料にして、体が自分で作っています。

酵素そのものを追いかけるより、たんぱく質やビタミンをきちんと摂ることのほうが大切です。

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「酵素ドリンク」は発酵食品なの？

「酵素」と名のつくドリンクの多くは、野菜や果物、野草などを砂糖などに漬け込んで作られた「植物発酵エキス」などをもとにしています。

ただし、製品によって作り方はさまざまです。

• 微生物による発酵の工程があるものもあれば、砂糖に漬け込んで成分を引き出しただけのものもある
• 加熱殺菌されている製品も多い
• 商品名に「酵素」とあっても、酵素が働く状態で入っているとはかぎらない

「酵素ドリンク＝酵素が入った発酵食品」とは一概にいえません。選ぶときは、原材料や糖質の量、製法の説明を確認しましょう。

あわせて読みたい：酵素ドリンクの選び方
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発酵食品の本当の良さと、上手な取り入れ方

「酵素が多いから」ではないとすれば、発酵食品の良さはどこにあるのでしょうか。

発酵によって生まれる3つの良さ

• うま味と風味：たんぱく質やでんぷんが分解されて、アミノ酸や糖が増え、素材だけでは出せない味わいが生まれる
• 保存性：乳酸や酢酸などができることで、ほかの菌が増えにくくなる
• 栄養の変化：微生物の働きで、材料には少なかった栄養素が増えることがある（例：納豆はゆで大豆よりビタミンKやビタミンB2が多い）

さらに、ヨーグルトやぬか漬けなどには生きた乳酸菌が含まれ、腸内環境との関わりでも注目されています。

腸活との関係については、次の記事で詳しく解説しています。

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40代からの取り入れ方のコツ

1. いろいろな種類を少しずつ

味噌汁、納豆、ヨーグルトなど、活躍する微生物が違う発酵食品を組み合わせると、食卓の幅も広がります。何か一つを大量に食べるより、毎日続けやすい量を。

2. 塩分に注意する

味噌、しょうゆ、漬物は塩分が多い食べ物です。食事摂取基準（2025年版）では、食塩の目標量を成人男性で7.5g未満、成人女性で6.5g未満としています。

味噌汁は具を多くして汁を減らす、漬物は少なめにするなどの工夫をしましょう。

3. 納豆と薬の飲み合わせに注意

血液を固まりにくくする薬（ワルファリン）を飲んでいる方は、納豆に多いビタミンKが薬の効きを弱めるため、納豆を控えるように指示されることがあります。

治療中の方は、医師や薬剤師の指示に従ってください。

4. 生きた菌を生かしたいなら、加熱しすぎない

ヨーグルトやぬか漬けはそのまま食べられます。味噌汁は味噌を溶かしたあと煮立たせないようにすると、風味もよくなります。

ただし、加熱した発酵食品にもうま味や栄養は残ります。気にしすぎなくて大丈夫です。

あわせて読みたい：40代から知っておきたい酵素の基礎知識

発酵と酵素に関するよくある質問

発酵と酵素について、違いや仕組み、発酵食品との関係など、疑問に感じやすいポイントをまとめました。

Q. 発酵食品を食べると、酵素を摂れますか？

加熱されていない発酵食品には、酵素が残っていることもあります。
ただし、食べた酵素の多くは胃酸や消化酵素で分解されると考えられ、体の中の酵素が直接増えるという根拠は十分ではありません。
発酵食品は、うま味や栄養を楽しむ食べ物と考えるのがおすすめです。

Q. 酵母と酵素は同じものですか？

違います。
酵母はパンやお酒づくりに使われる微生物（生き物）、酵素は生き物が作るたんぱく質でできた物質です。酵母は、自分で作った酵素を使って発酵を行います。

Q. 発酵と熟成はどう違いますか？

発酵は、微生物が作る酵素によって食べ物が変化することです。熟成は、温度や時間を管理しながら、食べ物をおいしく変化させていくことです。
味噌のように発酵しながら熟成するものもあれば、熟成肉のように主に食べ物自身の酵素で熟成するものもあります。

Q. 発酵と腐敗は、何で区別されますか？

どちらも微生物による変化ですが、人にとって役立つものを「発酵」、害になるものを「腐敗」と呼び分けています。微生物の種類で決まるわけではありません。

Q. 甘酒は発酵食品ですか？

米麹の甘酒は、麹菌を繁殖させて作った米麹を使い、その酵素で米のでんぷんを糖に分解して作ります。
麹づくりの段階で微生物が関わるため、発酵食品の仲間として紹介されることが多い食べ物です。酒粕の甘酒にはアルコールが含まれるので、運転前などは注意しましょう。

まとめ｜発酵と酵素の違いを理解して、発酵食品を上手に取り入れよう

• 酵素はたんぱく質でできた物質、発酵は微生物が食べ物を変える現象です。
• 発酵は、麹菌・酵母・乳酸菌・納豆菌などが作る酵素の働きで進みます。
• 酵母は生き物、酵素はその生き物が使う道具です。
• 発酵と腐敗の違いは、人にとって役立つかどうかです。
• 発酵食品の良さは酵素の量ではなく、うま味・保存性・栄養の変化にあります。

発酵食品は、日本の食卓に昔からある身近な食べ物です。

酵素の量を気にするより、塩分に気をつけながら、いろいろな種類を毎日の食事で楽しむことから始めてみましょう。

資料	使った箇所
農林水産省「「発酵」の不思議」（aff 2022年11月号）	発酵の定義、発酵と腐敗の違い、麹菌の酵素
日本紅茶協会「紅茶の製造」	紅茶の「発酵」は茶葉の酸化酵素による
マルコメ「発酵と腐敗・熟成の違いって何？」	熟成の説明（味噌と熟成肉）
マルコメ「糀甘酒の特徴」	米麹の甘酒の糖化、アルコール0%
厚生労働省「日本人の食事摂取基準（2025年版）」	食塩の目標量
文部科学省「食品成分データベース」	納豆とゆで大豆のビタミンK・B2の比較